源泉所得税の納付漏れ・納付額間違いは会社設立直後の会社の単純ミスの典型例です

別に国税庁の回し者ではありませんが、使いにくいと評判の国税庁の電子申告（イータックス）を使用して利用できるネットからの源泉所得税等の納税（ダイレクト納付）は毎月源泉所得税を納税するような状態になると特に便利です。

ダイレクト納付だと源泉所得税がネットで支払日の指定もできて納税でき、金融機関の窓口にも通う必要がないため、手間が省けますが、事業者の預金口座から引き落とすため届け出が必要です（といっても紙の届け出に銀行印と社印の押印をして提出するだけです）。

なお、ダイレクト納付だと源泉所得税等の領収書の発行はなく、通帳の引き落としが領収書代わりになります。

源泉所得税の納付月の判定は、実際に給料報酬等を支払った月で判定し、給料報酬等が何月の分なのか等は無関係です。

また、給料や報酬等の支払滞納があって支払月がずれてしまった場合も、あくまで給料報酬等を支払うべき月ではなく実際に支払った月がいつなのかで支払い月を判定します。
最初は納税すべき源泉所得税がどの源泉所得税なのかが分かりにくいですが、あくまで実際に支払った月の翌月10日（土日祝日等は翌営業日）が基準になるので知識として知っておいてください。

帳簿をつけていると源泉所得税の過払い・滞納が分かりますのでご紹介します。

そもそも原則的には源泉所得税を払い終わった後には源泉所得税の残高が残っていたり、マイナス残高になることはありません。
請求書・領収書から集計して支払った源泉所得税を会計データに入力した後に残高が0になっていないと会計データの入力間違いか集計ミスが発生しています。
そのため、何かの間違いが生じているので必ず見直してください。
逆に帳簿を早めに入力してそのデータにある源泉所得税残高を単純に納税することは会計データの入力間違いが気づかない場合もありますので、会計データの残高から源泉所得税の納税額を計算することもやめて下さい。